Nove di questi allori sono però arrivati prima ancora che, nel 2002, nascesse la MotoGP e che Ducati si cimentasse con continuità di risultati nella classe regina del motomondiale. In 500 infatti Ducati non ha mai gareggiato, eccetto prestazioni poco più che episodiche nei primi anni Settanta con Bruno Spaggiari, Phil Read e Paul Smart: con il 3° posto al Nazioni del 1972 l’italiano regalò alla Ducati l’unico podio in 500.
Ducati ha debuttato in MotoGP nel 2003 e al 6° GP, al Montmelò, è riuscita a salire sul gradino più alto del podio grazie a Loris Capirossi. Il pilota imolese ha poi vinto 2 gare nel 2005 e ben 3 nel 2006, ma bisognerà aspettare il 2007 per la vittoria del mondiale.
Nel 2007, infatti, la Ducati ha conquistato il titolo MotoGP grazie al neoacquisto Casey Stoner che ha stupito tutti ottenendo 10 vittorie, 14 podi, 5 pole position e 367 punti, laureandosi campione nella patria dei rivali, il Giappone, nel giorno dell’ultima vittoria nel Mondiale – e con la Ducati – di Capirossi.
Quell’anno, però, i Costruttori giapponesi si sono presi la rivincita in Superbike, conquistando le prime 3 posizioni della classifica con altrettanti marchi differenti. La Ducati si è così dovuta accontentare del 4° posto di Bayliss, del 6° di Ruben Xaus e del 7° di Lorenzo Lanzi.